В конце сентября Темному Лорду все же удается добиться того, что потерпело крах в конце августа - Министерство таки оказывается под его властью. На этот раз все происходит значительно тише, подчиняя магическое общество действиями изнутри. Пожирателям Смерти удается захватить в плен  Руфуса Скримджера. Однако его никто не убивает, да и сам факт пленения Министра Магии держится в глубочайшем секрете, ведь на следующий день на работу в его должности выходит один из приспешников Волдеморта, прикрывшись личиной Скримджера под Оборотным Зельем. Конечно же, с тех пор в волшебном мире происходит ряд перемен. Очень многих сотрудников Министерства, особенно тех, кто  занимал высокие должности, сдвигают, а тех, кто являлся магглорожденным или же открыто выражал свою лояльность Ордену Феникса просто-напросто выгоняют с работы. Главой Отдела Магического правопорядка становится мистер Яксли.
29 сентября Министром Магии, Руфусом Скримджером, был подписан указ о том, что каждый из жителей Магической Британии должен пройти инспекцию в Министерстве Магии для регистрации чистоты крови - каждому волшебнику приходят уведомления с приглашением в Министерство, неявка же грозит Азкабаном. В Ежеднемном Пророке появляется колонка, в которой значатся иена разыскиваемых государственных преступников и  тех, кто уже попал в Азкабан. Среди первых можно найти имена некоторых членом Ордена Феникса, среди последних - имена арестованных волшебников.

Темный Лорд желает вернуть Северуса в Хогвартс, для чего и разрабатывается план по ложному штурму замка. Снейп, предупредив Орден о штурме, прибывает на место и вступает в бой на стороне Хогвартса, благодаря чему Пожиратели Смерти якобы терпят поражение. Завоевав доверие профессора МакГонагалл, Северус на самом деле приоткрывает ей завесу своих истинных предпочтений, что убеждает женщину верить ему. Не тая в себе плохих замыслов, Снейп получает место директора школы.
Опрометчивый приказ Скримджера наводит Орден Феникса на мысли о предательстве Министерства. Через заместителя директора Хогвартса Ремус Люпин узнает о том, что настоящий Министр находится в плену у Темного Лорда - в Малфой-Мэноре. Немедленно начинается приготовление к освобождению Скримджера. Именно этим занимается и Поттер с компанией, но действуют они отдельно и в тайне.
В назначенный час члены Ордена Феникса проникают в поместье Малфоев и вступают в бой. Неразлучная Троица сражается этажом выше. После многих неразберих и помех операция заканчивается успешным освобождением Министра Магии и мистера Олливандера, мастера по производству волшебных палочек. Однако, Орден Феникса не обошелся без некоторых потерь со своей стороны.